Die herkömmlichen Milchsäurebakterien überleben den Weg bis in den Magen-Darm-Trakt nicht. Daher werden manchen Joghurtprodukten speziell gezüchtete Bakterienstämme zugesetzt, die resistent gegen Magen- und Gallensäure sind. Diese lebenden Mikroorganismen werden Probiotika genannt. Zu den in Joghurt vorhandenen Probiotika zählen vor allem die Laktobazillen (casei, acidophilus) sowie bestimmte Bifidobakterien. Diese können sich in Folge im Dickdarm ansiedeln und dort ihre Wirkung entfalten.

Über die tatsächliche Wirkung der Probiotika gibt es noch kaum wissenschaftliche Beweise. Nach der Deutschen Gesellschaft für Ernährung gelten eine verkürzte Durchfalldauer bei Darminfektionen oder einer Antibiotikatherapie sowie eine bessere Laktoseverwertung als erwiesen. Ob Probiotika die natürliche Bakterienzusammensetzung im Darm wiederherstellen, krankheitserregende Keime verdrängen und das Immunsystem stärken können, wird derzeit noch diskutiert und in vielen laufenden Studien überprüft. Ausschlaggebend für die Wirksamkeit von probiotischen Joghurts dürfte auf jeden Fall eine ausreichende und permanente Zufuhr sein.

Um die Wirksamkeit der Probiotika zu erhöhen, werden dem Joghurt in einigen Fällen auch noch Prebiotika zugesetzt. Prebiotische Substanzen gelangen unverdaut in den Dickdarm und dienen dort den Probiotika als Nahrungsgrundlage. Zu den Prebiotika zählen vor allem die Ballaststoffe Inulin und Oligofruktose.

Im Vergleich zu Milch bietet Joghurt eine bessere Verdaulichkeit. Daher können auch Menschen mit einer Laktoseintoleranz Joghurt bis zu einem gewissen Grad ohne Beschwerden genießen. Ganz anders argumentiert jedoch die Traditionelle Chinesische Medizin. Geht es nach der chinesischen Ernährungslehre, wirkt Joghurt vor allem in der kalten Jahreszeit kontraproduktiv auf das Immunsystem, weil es dem Körper Energie entzieht und die Anfälligkeit für Infekte erhöht. Aber nicht zuletzt ist es genau diese kühlende Wirkung, die Joghurt zu einem guten Heilmittel bei Sonnenbrand macht.