Sekundäre Pflanzenstoffe gehören neben den Ballaststoffen und Substanzen in fermentierten Lebensmitteln (wie Milchsäure und Milchsäurebakterien) zu der Gruppe der bioaktiven Substanzen.

Carotinoide: Dazu gehören etwa Alpha-Carotin, Beta-Carotin oder Lycopin. Sie sind vor allem in gelben und roten Obst- und Gemüsesorten enthalten, aber auch in Spinat und Grünkohl. Carotinoide wirken als Antioxidantien, regen die Bildung von Immunstoffen an und hemmen die Tumorentwicklung.

Glucosinolate: Sie kommen vor allem in Gemüse aus der Gruppe der Kreuzblütler vor und sorgen für den scharfen Geschmack von Senf, Meerrettich und Kohlgemüse. Zusammen mit Sauerstoff ergeben die Glucosinolate (auch Senföle genannt) erst die eigentlich wirksamen Substanzen: Isothiozyanate, Thiozyanate und Indole. Sie wirken krebsvorbeugend und unterstützen das körpereigene Entgiftungssystem.

Phytoöstrogene: Dabei handelt es sich um Pflanzenstoffe, die ähnlich wirken wie das weibliche Sexualhormon Östrogen. Zu den Phytoöstrogenen zählen die Isoflavonoide (in Hülsenfrüchten und Sojabohnen) und die Lignane (in Getreide).

Phytosterine: Sie kommen vor allem in den Samen von Sonnenblumenkernen, Sesam und Sojabohnen vor. Bereits seit den 1950er-Jahren ist ihre cholesterinsenkende Wirkung bekannt. Außerdem sind Phytosterine effektive Waffen im Kampf gegen Dickdarmkrebs.

Polyphenole: Sie gehören zu den am weitesten verbreiteten Inhaltsstoffen von Pflanzen und sind vor allem für ihre antioxidativen Eigenschaften bekannt. Zu den Polyphenolen gehört die große Gruppe der Phenolsäuren (= Gerbsäure) und der Flavonoide. Phenolsäuren sind enthalten in Kaffeebohnen, Walnüssen, Trauben und schwarzem Tee. Sie unterstützen den menschlichen Organismus bei der Abwehr von krebserregenden Substanzen und Infektionen. Außerdem wirken sie vorbeugend gegen Herzinfarkt. Flavonoide kommen überall in Obst und Gemüse vor und finden sich vereinzelt sogar in Algen und Pilzen. Ein beträchtlicher Flavonoidgehalt wurde im Holunder nachgewiesen. Der häufige Konsum von Flavonoiden durch Obst und Gemüse senkt das Risiko für Magen-, Dickdarm-und Brustkrebs.

Protease-Inhibitoren: Sie kommen reichlich in Hülsenfrüchten vor und hemmen im menschlichen Organismus das Wachstum von Krebszellen. Protease-Inhibitoren aus Soja- und Limabohnen wirken in unerhitztem Zustand zusätzlich als Antioxidantien, indem sie freie Radikale unschädlich machen.

Saponine: Sie sind in pflanzlichen Lebensmitteln weit verbreitet und kommen besonders reichlich in Hülsenfrüchten vor. Die Sojabohne enthält z. B. fünf verschiedene Saponine. Sie wirken hauptsächlich im Magen-Darm-Trakt, wo sie Cholesterin aus der Nahrung binden. Sie wirken nicht nur cholesterinsenkend, sondern entzündungshemmend und krebsvorbeugend.

Sulfide: Die schwefelhaltigen Substanzen sorgen für das typische Aroma in Knoblauch, Zwiebeln und Lauch und bekämpfen schädliche Bakterien, Viren und Pilze. Im menschlichen Organismus haben sie vielfältige Wirkungen: Sie unterstützen das Immunsystem, senken den Cholesterinspiegel und verbessern die Fließeigenschaft des Blutes.

Terpene: Sie kommen vor allem in Obst, Kräutern und Gewürzen vor und werden wegen ihrer Aromastoffe geschätzt, etwa Menthol aus Pfefferminze, Carvon aus Kümmel oder Limonen aus Zitronen. Sowohl Carvon als auch Limonen haben eine krebsvorbeugende Wirkung. Auch den Terpenen wird eine anticarzerogene Wirkung zugesprochen.