Nach modernen ernährungswissenschaftlichen Methoden sind die Hayschen Grundsätze überholt, weil sie zuwenig Getreide- und Getreideerzeugnisse, zuwenig Käse und Fisch empfehlen, auf wertvolle Hülsenfruchtprodukte völlig verzichten und zudem, durch die strikte Trennung von Eiweiß- und Kohlenhydratzufuhr, auf die wertvolle Nahrungsergänzung von pflanzlichen und tierischen Produkten weitgehend verzichten.

Positiv zu bewerten ist, dass die vorwiegend lacto-vegetabile Haysche Trennkost (viel Gemüse, Obst, Salate) energie- und fettarm ist. Auch die Verteilung der einzelnen Mahlzeiten ist durchaus sinnvoll, da unterschiedliche Nahrungsmittel unterschiedliche Gehirnbotenstoffe entstehen lassen. Eiweißmahlzeiten zu Mittag führen zu erhöhter Aufmerksamkeit, während kohlenhydrathältige Abendmahlzeiten eher Entspannung und Müdigkeit auslösen.

Die Haysche Trennkost "...könnte daher durchaus als Basis einer vernünftigen Ernährungsform empfohlen werden, wenn man die unsinnige und sogar komplizierte Trennung sowie die unnötige Einteilung der Nahrungsmittel weglassen würde. Schließlich entspricht das von der Natur ausschließlich für den menschlichen Verzehr vorgesehene Lebensmittel, die Muttermilch ganz und gar nicht den Anforderungen der Trennkost" (Dr. Norbert Langmayr, Facharzt für Innere Medizin, Leiter des Institutes für Stoffwechselerkrankungen und Ernährungsmedizin am Elisabethinnen-Spital in Linz).

Wenn Konsumenten entgegnen, dass die Trennkost funktioniert, so meinen sie damit die Reduktion des Körpergewichts. Oft ist aber die kleinere Portionsgröße (durch die Trennung) der Grund für das "Funktionieren" und nicht die Hayschen Grundsätze.